ScoDoc-Lille/app/scodoc/sco_apogee_reader.py

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#
# Gestion scolarite IUT
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# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
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# Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
#
#   Emmanuel Viennet      emmanuel.viennet@viennet.net
#
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"""Lecture du fichier "maquette" Apogée

Le fichier CSV, champs séparés par des tabulations, a la structure suivante:

 <pre>
 XX-APO_TITRES-XX
 apoC_annee	2007/2008
 apoC_cod_dip	VDTCJ
 apoC_Cod_Exp	1
 apoC_cod_vdi	111
 apoC_Fichier_Exp	VDTCJ_V1CJ.txt
 apoC_lib_dip	DUT CJ
 apoC_Titre1	Export Apogée du 13/06/2008 à 14:29
 apoC_Titre2

 XX-APO_TYP_RES-XX
 ...section optionnelle au contenu quelconque...

 XX-APO_COLONNES-XX
 apoL_a01_code	Type Objet	Code	Version	Année	Session	Admission/Admissibilité	Type Rés.			Etudiant	Numéro
 apoL_a02_nom										1	Nom
 apoL_a03_prenom										1	Prénom
 apoL_a04_naissance									Session	Admissibilité	Naissance
 APO_COL_VAL_DEB
 apoL_c0001	VET	V1CJ	111	2007	0	1	N	V1CJ - DUT CJ an1	0	1	Note
 apoL_c0002	VET	V1CJ	111	2007	0	1	B		0	1	Barème
 apoL_c0003	VET	V1CJ	111	2007	0	1	R		0	1	Résultat
 APO_COL_VAL_FIN
 apoL_c0030	APO_COL_VAL_FIN

 XX-APO_VALEURS-XX
 apoL_a01_code	apoL_a02_nom	apoL_a03_prenom	apoL_a04_naissance	apoL_c0001	apoL_c0002	apoL_c0003	apoL_c0004	apoL_c0005	apoL_c0006	apoL_c0007	apoL_c0008	apoL_c0009	apoL_c0010	apoL_c0011	apoL_c0012	apoL_c0013	apoL_c0014	apoL_c0015	apoL_c0016	apoL_c0017	apoL_c0018	apoL_c0019	apoL_c0020	apoL_c0021	apoL_c0022	apoL_c0023	apoL_c0024	apoL_c0025	apoL_c0026	apoL_c0027	apoL_c0028	apoL_c0029
 10601232	AARIF	MALIKA	 22/09/1986	18	20	ADM	18	20	ADM	18	20	ADM	18	20	ADM	18	20	ADM	18	20	18	20	ADM	18	20	ADM	18	20	ADM	18	20	ADM
 </pre>

 
 On récupère nos éléments pédagogiques dans la section XX-APO-COLONNES-XX et
 notre liste d'étudiants dans la section XX-APO_VALEURS-XX. Les champs de la
 section XX-APO_VALEURS-XX sont décrits par les lignes successives de la
 section XX-APO_COLONNES-XX.

 Le fichier CSV correspond à une étape, qui est récupérée sur la ligne
 <pre>
 apoL_c0001	VET	V1CJ ...
 </pre>
"""
from collections import namedtuple
import io
import pprint
import re

# Pour la détection auto de l'encodage des fichiers Apogée:
from chardet import detect as chardet_detect

from app import log
from app.scodoc.sco_exceptions import ScoFormatError
from app.scodoc import sco_preferences

APO_PORTAL_ENCODING = (
    "utf8"  # encodage du fichier CSV Apogée (était 'ISO-8859-1' avant jul. 2016)
)
APO_INPUT_ENCODING = "ISO-8859-1"  #
APO_OUTPUT_ENCODING = APO_INPUT_ENCODING  # encodage des fichiers Apogee générés
APO_DECIMAL_SEP = ","  # separateur décimal: virgule
APO_SEP = "\t"
APO_NEWLINE = "\r\n"

ApoEtudTuple = namedtuple("ApoEtudTuple", ("nip", "nom", "prenom", "naissance", "cols"))


class DictCol(dict):
    "A dict, where we can add attributes"


class StringIOWithLineNumber(io.StringIO):
    "simple wrapper to use a string as a file with line numbers"

    def __init__(self, data: str):
        super().__init__(data)
        self.lineno = 0

    def readline(self):
        self.lineno += 1
        return super().readline()


class ApoCSVReadWrite:
    "Gestion lecture/écriture de fichiers csv Apogée"

    def __init__(self, data: str):
        if not data:
            raise ScoFormatError("Fichier Apogée vide !")
        self.data = data
        self._file = StringIOWithLineNumber(data)  # pour traiter comme un fichier
        self.apo_elts: dict = None
        self.cols: dict[str, dict[str, str]] = None
        self.column_titles: str = None
        self.col_ids: list[str] = None
        self.csv_etuds: list[ApoEtudTuple] = []
        # section_str: utilisé pour ré-écrire les headers sans aucune altération
        self.sections_str: dict[str, str] = {}
        "contenu initial de chaque section"
        # self.header: str = ""
        # "début du fichier Apogée jusqu'à XX-APO_TYP_RES-XX non inclu (sera ré-écrit non modifié)"
        self.header_apo_typ_res: str = ""
        "section XX-APO_TYP_RES-XX (qui peut en option ne pas être ré-écrite)"
        self.titles: dict[str, str] = {}
        "titres Apogée (section XX-APO_TITRES-XX)"

        self.read_sections()

        # Check that we have collected all requested infos:
        if not self.header_apo_typ_res:
            # on pourrait rendre XX-APO_TYP_RES-XX optionnelle mais mieux vaut vérifier:
            raise ScoFormatError(
                "format incorrect: pas de XX-APO_TYP_RES-XX",
                filename=self.get_filename(),
            )
        if self.cols is None:
            raise ScoFormatError(
                "format incorrect: pas de XX-APO_COLONNES-XX",
                filename=self.get_filename(),
            )
        if self.column_titles is None:
            raise ScoFormatError(
                "format incorrect: pas de XX-APO_VALEURS-XX",
                filename=self.get_filename(),
            )

    def read_sections(self):
        """Lit une à une les sections du fichier Apogée"""
        # sanity check: we are at the begining of Apogee CSV
        start_pos = self._file.tell()
        section = self._file.readline().strip()
        if section != "XX-APO_TITRES-XX":
            raise ScoFormatError("format incorrect: pas de XX-APO_TITRES-XX")

        while True:
            self.read_section(section)
            line, end_pos = _apo_next_non_blank_line(self._file)
            self.sections_str[section] = self.data[start_pos:end_pos]
            if not line:
                break
            section = line
            start_pos = end_pos

    def read_section(self, section_name: str):
        """Read a section: _file is on the first line after section title"""
        if section_name == "XX-APO_TITRES-XX":
            # Titres:
            #   on va y chercher apoC_Fichier_Exp qui donnera le nom du fichier
            #   ainsi que l'année scolaire et le code diplôme.
            self.titles = self._apo_read_titres(self._file)
        elif section_name == "XX-APO_TYP_RES-XX":
            self.header_apo_typ_res = _apo_read_typ_res(self._file)
        elif section_name == "XX-APO_COLONNES-XX":
            self.cols = self.apo_read_cols()
            self.apo_elts = self.group_elt_cols(self.cols)
        elif section_name == "XX-APO_VALEURS-XX":
            # les étudiants
            self.apo_read_section_valeurs()
        else:
            raise ScoFormatError(
                f"format incorrect: section inconnue: {section_name}",
                filename=self.get_filename(),
            )

    def apo_read_cols(self):
        """Lecture colonnes apo :
        Démarre après la balise XX-APO_COLONNES-XX
        et s'arrête après la ligne suivant la balise APO_COL_VAL_FIN

        Colonne Apogee: les champs sont données par la ligne
        apoL_a01_code de la section XX-APO_COLONNES-XX
        col_id est apoL_c0001, apoL_c0002, ...

        :return: { col_id : { title : value } }
        Example: { 'apoL_c0001' : { 'Type Objet' : 'VET', 'Code' : 'V1IN', ... }, ... }
        """
        line = self._file.readline().strip(" " + APO_NEWLINE)
        fields = line.split(APO_SEP)
        if fields[0] != "apoL_a01_code":
            raise ScoFormatError(
                f"invalid line: {line} (expecting apoL_a01_code)",
                filename=self.get_filename(),
            )
        col_keys = fields

        while True:  # skip premiere partie (apoL_a02_nom, ...)
            line = self._file.readline().strip(" " + APO_NEWLINE)
            if line == "APO_COL_VAL_DEB":
                break
        # après APO_COL_VAL_DEB
        cols = {}
        i = 0
        while True:
            line = self._file.readline().strip(" " + APO_NEWLINE)
            if line == "APO_COL_VAL_FIN":
                break
            i += 1
            fields = line.split(APO_SEP)
            # sanity check
            col_id = fields[0]  # apoL_c0001, ...
            if col_id in cols:
                raise ScoFormatError(
                    f"duplicate column definition: {col_id}",
                    filename=self.get_filename(),
                )
            m = re.match(r"^apoL_c([0-9]{4})$", col_id)
            if not m:
                raise ScoFormatError(
                    f"invalid column id: {line} (expecting apoL_c{col_id})",
                    filename=self.get_filename(),
                )
            if int(m.group(1)) != i:
                raise ScoFormatError(
                    f"invalid column id: {col_id} for index {i}",
                    filename=self.get_filename(),
                )

            cols[col_id] = DictCol(list(zip(col_keys, fields)))
            cols[col_id].lineno = self._file.lineno  # for debuging purpose

        self._file.readline()  # skip next line

        return cols

    def group_elt_cols(self, cols) -> dict:
        """Return (ordered) dict of ApoElt from list of ApoCols.
        Clé: id apogée, eg 'V1RT', 'V1GE2201', ...
        Valeur: ApoElt, avec les attributs code, type_objet

        Si les id Apogée ne sont pas uniques (ce n'est pas garanti), garde le premier
        """
        elts = {}
        for col_id in sorted(list(cols.keys()), reverse=True):
            col = cols[col_id]
            if col["Code"] in elts:
                elts[col["Code"]].append(col)
            else:
                elts[col["Code"]] = ApoElt([col])
        return elts  # { code apo : ApoElt }

    def apo_read_section_valeurs(self):
        "traitement de la section XX-APO_VALEURS-XX"
        self.column_titles = self._file.readline()
        self.col_ids = self.column_titles.strip().split()
        self.csv_etuds = self.apo_read_etuds()

    def apo_read_etuds(self) -> list[ApoEtudTuple]:
        """Lecture des étudiants (et résultats) du fichier CSV Apogée.
        Les lignes "étudiant" commencent toujours par
        `12345678	NOM	PRENOM	 15/05/2003`
        le premier code étant le NIP.
        """
        etud_tuples = []
        while True:
            line = self._file.readline()
            # cette section est impérativement la dernière du fichier
            # donc on arrête ici:
            if not line:
                break
            if not line.strip():
                continue  # silently ignore blank lines
            line = line.strip(APO_NEWLINE)
            fields = line.split(APO_SEP)
            if len(fields) < 4:
                raise ScoFormatError(
                    """Ligne étudiant invalide 
                    (doit commencer par 'NIP NOM PRENOM dd/mm/yyyy')""",
                    filename=self.get_filename(),
                )
            cols = {}  # { col_id : value }
            for i, field in enumerate(fields):
                cols[self.col_ids[i]] = field
            etud_tuples.append(
                ApoEtudTuple(
                    nip=fields[0],  # id etudiant
                    nom=fields[1],
                    prenom=fields[2],
                    naissance=fields[3],
                    cols=cols,
                )
                # XXX à remettre dans apogee_csv.py
                #     export_res_etape=self.export_res_etape,
                #     export_res_sem=self.export_res_sem,
                #     export_res_ues=self.export_res_ues,
                #     export_res_modules=self.export_res_modules,
                #     export_res_sdj=self.export_res_sdj,
                #     export_res_rat=self.export_res_rat,
                # )
            )

        return etud_tuples

    def _apo_read_titres(self, f) -> dict:
        "Lecture section TITRES du fichier Apogée, renvoie dict"
        d = {}
        while True:
            line = f.readline().strip(
                " " + APO_NEWLINE
            )  # ne retire pas le \t (pour les clés vides)
            if not line.strip():  # stoppe sur ligne pleines de \t
                break

            fields = line.split(APO_SEP)
            if len(fields) == 2:
                k, v = fields
            else:
                log(f"Error read CSV: \nline={line}\nfields={fields}")
                log(dir(f))
                raise ScoFormatError(
                    f"Fichier Apogee incorrect (section titres, {len(fields)} champs au lieu de 2)",
                    filename=self.get_filename(),
                )
            d[k] = v
        #
        if not d.get("apoC_Fichier_Exp", None):
            raise ScoFormatError(
                "Fichier Apogee incorrect: pas de titre apoC_Fichier_Exp",
                filename=self.get_filename(),
            )
        # keep only basename: may be a windows or unix pathname
        s = d["apoC_Fichier_Exp"].split("/")[-1]
        s = s.split("\\")[-1]  # for DOS paths, eg C:\TEMP\VL4RT_V3ASR.TXT
        d["apoC_Fichier_Exp"] = s
        return d

    def get_filename(self) -> str:
        """Le nom du fichier APogée, tel qu'indiqué dans le fichier
        ou vide."""
        if self.titles:
            return self.titles.get("apoC_Fichier_Exp", "")
        return ""

    def write(self, apo_etuds: list["ApoEtud"]) -> bytes:
        """Renvoie le contenu actualisé du fichier Apogée"""
        f = io.StringIO()
        self._write_header(f)
        self._write_etuds(f, apo_etuds)
        return f.getvalue().encode(APO_OUTPUT_ENCODING)

    def _write_etuds(self, f, apo_etuds: list["ApoEtud"]):
        """write apo CSV etuds on f"""
        for apo_etud in apo_etuds:
            fields = []  #  e['nip'], e['nom'], e['prenom'], e['naissance'] ]
            for col_id in self.col_ids:
                try:
                    fields.append(str(apo_etud.new_cols[col_id]))
                except KeyError:
                    log(
                        f"""Error: {apo_etud["nip"]} {apo_etud["nom"]} missing column key {col_id}
Details:\napo_etud = {pprint.pformat(apo_etud)}
col_ids={pprint.pformat(self.col_ids)}
étudiant ignoré.
"""
                    )
            f.write(APO_SEP.join(fields) + APO_NEWLINE)

    def _write_header(self, f):
        """write apo CSV header on f
        (beginning of CSV until columns titles just after XX-APO_VALEURS-XX line)
        """
        remove_typ_res = sco_preferences.get_preference("export_res_remove_typ_res")
        for section, data in self.sections_str.items():
            # ne recopie pas la section résultats, et en option supprime APO_TYP_RES
            if (section != "XX-APO_VALEURS-XX") and (
                section != "XX-APO_TYP_RES-XX" or not remove_typ_res
            ):
                f.write(data)

        f.write("XX-APO_VALEURS-XX" + APO_NEWLINE)
        f.write(self.column_titles)


class ApoElt:
    """Définition d'un Element Apogée
    sur plusieurs colonnes du fichier CSV
    """

    def __init__(self, cols):
        assert len(cols) > 0
        assert len(set([c["Code"] for c in cols])) == 1  # colonnes de meme code
        assert len(set([c["Type Objet"] for c in cols])) == 1  # colonnes de meme type
        self.cols = cols
        self.code = cols[0]["Code"]
        self.version = cols[0]["Version"]
        self.type_objet = cols[0]["Type Objet"]

    def append(self, col):
        """ajoute une "colonne" à l'élément"""
        assert col["Code"] == self.code
        if col["Type Objet"] != self.type_objet:
            log(
                f"""Warning: ApoElt: duplicate id {
                        self.code} ({self.type_objet} and {col["Type Objet"]})"""
            )
            self.type_objet = col["Type Objet"]
        self.cols.append(col)

    def __repr__(self):
        return f"ApoElt(code='{self.code}', cols={pprint.pformat(self.cols)})"


def guess_data_encoding(text: bytes, threshold=0.6):
    """Guess string encoding, using chardet heuristics.
    Returns encoding, or None if detection failed (confidence below threshold)
    """
    r = chardet_detect(text)
    if r["confidence"] < threshold:
        return None
    else:
        return r["encoding"]


def fix_data_encoding(
    text: bytes,
    default_source_encoding=APO_INPUT_ENCODING,
    dest_encoding=APO_INPUT_ENCODING,
) -> tuple[bytes, str]:
    """Try to ensure that text is using dest_encoding
    returns converted text, and a message describing the conversion.

    Raises UnicodeEncodeError en cas de problème, en général liée à
    une auto-détection errornée.
    """
    message = ""
    detected_encoding = guess_data_encoding(text)
    if not detected_encoding:
        if default_source_encoding != dest_encoding:
            message = f"converting from {default_source_encoding} to {dest_encoding}"
            text = text.decode(default_source_encoding).encode(dest_encoding)
    else:
        if detected_encoding != dest_encoding:
            message = (
                f"converting from detected {default_source_encoding} to {dest_encoding}"
            )
            text = text.decode(detected_encoding).encode(dest_encoding)
    return text, message


def _apo_read_typ_res(f) -> str:
    "Lit la section XX-APO_TYP_RES-XX"
    text = "XX-APO_TYP_RES-XX" + APO_NEWLINE
    while True:
        line = f.readline()
        stripped_line = line.strip()
        if not stripped_line:
            break
        text += line
    return text


def _apo_next_non_blank_line(f: StringIOWithLineNumber) -> tuple[str, int]:
    "Ramène prochaine ligne non blanche, stripped, et l'indice de son début"
    while True:
        pos = f.tell()
        line = f.readline()
        if not line:
            return "", -1
        stripped_line = line.strip()
        if stripped_line:
            return stripped_line, pos